Szimpatika – Hányféle baktérium él a metróvonalakon?

Egy 69 szakemberből álló kutatócsoport vette a vállára a feladatot, és 60 nagyváros (Közép-Európát Bécs képviselte) metróiban vett közel 4800 mintát elemzett, hogy kiderítse, milyen mikrobák DNS-maradványaira lehet rábukkanni az adott környezetben. A mintavételezés úgy történt, hogy az egyes metrókban a közösségi tereken a korlátok, kilincsek, kapaszkodók, padok, jegykiadók felületét steril vattás pálcikával megdörzsölték. Három évre volt szükség csupán ahhoz is, hogy a mintákat begyűjtsék.

Az ezt követő elemzések során a teljes minták összes DNS-töredék tartalmát (gyakorlatilag egy DNS-turmixot) vizsgálták, s az egyes töredékek alapján hasonlították össze az ismert mikrobák adatbázisával a kapott eredményt.

Az elemzés eredményéből egy atlaszt állítottak össze, amelyben szerepelnek az egyes városokra jellemző mikrobák. A DNS-töredékek közt számos olyan mikroba-gént is találtak, amelyek az antibiotikum-rezisztenciához kötődnek, ám ezek alapvetően nem voltak gyakoriak, a legkevesebbet Óceánia (Hawaii-tól Ausztráliáig) és a Közel-Kelet metróiban találták. Az ismert mikrobák elsöprő többsége ránk nézve teljesen ártalmatlan volt. Érdekesség, hogy mindössze egyetlen eukarióta, vagyis sejtmaggal rendelkező mikroba volt ezek közt, mégpedig az egyszerű és hétköznapi sörélesztő.

A leggyakoribb három baktériumtípus a Proteobacteria, az Actinobacteria, és a Firmicutes törzseit képviselték. A világszerte legnagyobb arányban kimutatott baktériumfaj a Cutibacterium acnes volt, amely a természetes bőrflóránk része és a legtöbbünkön megtalálható.

A kutatók által városi pán-mikrobiomnak hívott, vagyis a teljes városlakó emberiséget átfogó mikrobiom 31 faja a minták 97 százalékában jelen volt, 1145 faj 75-97 százalékban fordult elő, 2644 faj pedig a minták több mint negyedéből előkerült. Jól felismerhető hasonlóság volt például a korlátok-kilincsek mikroba-összetétele és az emberi bőr mikrobiomja közt is, míg pl. a padlók már nem mutattak ilyen összefüggést.

Az egyes városokra lebontva jól észlelhető különbségek adódtak. Ezek részben földrajzi, éghajlati jellegük miatt térnek el más városok mikrobáitól, részben viszont az egyes területekre jellemző szokások miatt is (ahogy kommenzalista mikrobáink is eltérnek emiatt). A legnagyobb különbséget az éghajlattal való összefüggés mutatta, és minél közelebb volt egymáshoz két város, annál kevésbé tért el a mikrobiomjuk.

Összességében az európai mintákban volt a legtöbb olyan DNS-töredék, amelyet nem tudtak a referencia adatbázisok alapján besorolni, a legkevesebb ilyen ismeretlen töredéket az Afrika déli részéről származó minták tartalmazták.