A kávéfogyasztás és az egészség kapcsolata foglalkoztatja mind a kutatókat, mind a fogyasztókat. Ebben jelentős szerepet játszanak a médiában is megjelenő tudományos eredmények. Habár a kávé lehetséges egészségügyi hatásairól folyó vita a 90-es évek óta tart, csak napjainkban merült fel, hogy a kávé az emésztőrendszer természetes élőflórájára is hatással van. A tápcsatornában élő mikroflóra meghatározó szerepet játszik az emberi táplálkozásban és az egészségben, illetve feltehetőleg a kávé számos hatása az emberi emésztésben és anyagcserében részt vevő baktériumok számára tápanyagként szolgáló kávéösszetevőknek tulajdonítható.
Habár a kávé tápértékét hagyományosan alacsonynak tartják, rendszeres fogyasztásának szerteágazó egészségügyi hatásai vannak. A kávéból készült italok jelentős mennyiségű vízoldékony rostot, valamint fenolos vegyületet (klorogén-savat) tartalmaznak, amelyek a vastagbél-baktériumok könnyen hasznosítható tápanyagai.
A 90-es évek végén végzett vizsgálati tanulmány szerint a kávé rostanyagai csökkenthetik a vastagbélrák kialakulásának valószínűségét. Habár a prebiotikumok (főleg növényi rostok, melyek a baktériumok tápanyagai) elméletét csak néhány éve dolgozták ki, ez a vizsgálat igazolta, hogy a kávé jótékony hatású étkezési finomrostokat tartalmaz. Néhány évvel később egy spanyol kutatócsoport igazolta, hogy a főzött kávé nemcsak étkezési rostokat tartalmaz jelentős mennyiségben, hanem antioxidáns hatásukról ismert fenoloid vegyületekben is igen gazdag. Ezt a megfigyelést számos más vizsgálat is megerősítette, ugyanakkor azt is kimutatták, hogy a bélbaktériumok egyes csoportjai a kávé egyébként emészthetetlen rostanyagait is képesek hasznosítani.
A Nestlé Research Center munkatársai azt vizsgálták, hogy egy zöld és pörkölt kávészemek vizes kioldásával készített instant kávé mértékletes fogyasztása milyen hatással van az emberi bélbaktérium-közösségek általános összetételére. 16 egészséges önkéntest kértek fel arra, hogy három héten át igyanak naponta három csésze kávét. Azt is kérték tőlük, hogy ne fogyasszanak semmilyen probiotikus táplálék-kiegészítőt, vagy fermentált termékeket.
A kávéfogyasztás előtt és után vett székletminták összevetése alapján a mérhető bifidobaktérium (emésztőrendszeri) fajok száma megnőtt. Ez a növekedés azon önkéntesek esetében volt a legjelentősebb, akiknél a vizsgálat elején a legalacsonyabb bifidobaktérium-számot tapasztalták. Néhány egyéb tanulmány is a bifidobaktérium-fajok emésztőrendszeri aktivitásának növekedéséről számolt be.
Habár a vizsgálatsorozat célja nem az egészségügyi állapot tanulmányozása volt, az eredmények alapján kidolgozhatóak olyan jövőbeli stratégiák, amelyekkel azonosíthatóak a lakosság azon rétegei, akik tápcsatornájukban kevés bifidobaktériummal rendelkeznek (pl. az idősek), és akik számára a kávéfogyasztás jótékony hatású lehet. Eredményeik egészségügyi előnyeit és biológiai helytállóságát még vizsgálni kell, és a bifidobaktérium-fajok elszaporodásáért felelős pontos kávé-összetevők is azonosításra várnak. Jelenleg csak a kávé bifidogén hatását fogalmazhatjuk meg. A hatás hátterében állhatnak a klorogénsavak, azaz a koffeinsav kinasavval alkotott észterei is, mivel korábban már igazolták, hogy a bélbaktériumok e vegyületeket is képesek hasznosítani. A lassú bélmozgások és a székrekedés fontos egészségügyi problémák. A kiegészítőként nagy mennyiségű, kávézaccból nyert rostot tartalmazó kávékeverékből készült italok ajánlhatók a székrekedés természetes kezelésére.