A kranioszakrális kezelés alatt a páciens felöltözve, kényelmesen hanyatt fekszik a kezelőasztalon. A kezelés elején a terapeuta gyengéden a páciens testének különböző pontjaira helyezi a kezét, megfigyelve annak ún kranioszakrális ritmusát. Ezt követően főként a koponyán és a keresztcsonton végez finom mikromanipulációt, melynek során rendkívül apró és gyengéd mozdulatokkal korrigálja a koponyacsontok mikromozgásait; meghatározza, majd elhárítja a kötőszövetek szabad mozgásának, az agyi-gerincvelői folyadék szabad áramlásának akadályait, hatást gyakorolva ezzel a test egyéb részeire, rendszereire is. A kezelés során a páciens is tapasztalatot szerez testének öngyógyító folyamataival kapcsolatban, elősegítve ezzel saját gyógyulását. A terápia a test különböző rendszereit befolyásolja: hatást gyakorol a csont- és izomrendszerre, az idegrendszerre, a szív- és érrendszerre, az immunrendszerre, a különböző szervekre, a kötőszövetekre, a testnedvekre és a test energiarendszerére is.
A kranioszakrális terápia egy önálló kezelési módszer, de kombinálható más, hagyományos és alternatív gyógymódokkal is. A terápia fontos szerepet játszik nemcsak a gyógyításban, de a betegségek megelőzésben is. Csökkenti a felgyülemlett stresszt, segít leküzdeni annak romboló hatásait olyan körülmények biztosításával, amelyekben az idegrendszer pihenni és regenerálódni tud. Fokozza a betegségekkel szembeni ellenállóképességet, erősíti az immunrendszert és serkenti a szervezet öngyógyító folyamatait. Mindenki, aki részt vett már kranioszakrális terápián, arról számol be, hogy kevésbé fáradékony, jobban alszik és ritkábban betegszik meg – és a jótékony hatások még hosszú idővel a kezelés után is tapasztalhatók.
A kranioszakrális terápia kifejlesztése dr. John E. Upledger amerikai orvosprofesszor nevéhez fűződik. A professzor 1985-ben létrehozta az Upledger Intézetet, ahol azóta több ezer egészségügyi szakember, köztük orvosok, természetgyógyászok, pszichológusok, gyógytornászok és masszőrök sajátíthatták el a kranioszakrális terápia alkalmazását.